UEFA Kupası'nda 2006-2007 sezonu grup maçlarının kuraları 3 Ekim'de İsviçre'nin Nyon Kenti'nde çekilecek. UEFA Kupası'nda takımlar 1. tur rövanş maçları için hazırlıklarını sürdürürken UEFA yaptığı bir açıklamayla, grup maçlarının kura çekiminin 3 Ekim'de İsviçre'nin Nyon Kenti'nde 12.00'de (TSİ 13.00) çekileceğini duyurdu.
UEFA merkezinde yapılacak kura çekimini, UEFA Kulüp Yarışmaları Komitesi Başkan Yardımcısı Roger Vanden Stock organize edecek. Kura sonuçları canlı olarak UEFA'nın resmi İnternet sitesinde futbolseverlere duyurulacak. Toplam 40 takım 5'erli gruplar halinde toplam 8 grup oluşturacaklar. Her takım iki maçını kendi evinde iki maçını ise deplasmanda oynayacak. 40 takım ayrı ayrı 5 torbada yer alacaklar ve torbalar takımların kendi katsayılarına göre ayarlanacak. 1. torbanın ilk sırasında Yunan rakibi Atromitos FC'yi elemesi halinde son UEFA Kupası Şampiyonu İspanyol Sevilla yer alacak. Diğer takımlar ise katsayıları en yüksek olan diğer yedi kulüp olacak. Ve katsayı sıralamasına göre diğer 5 torba belli olacak. Aynı ülke takımları aynı gruplarda mücadele etmeyecekler.
